Desde 1991, cuando se aprobó el Reglamento de Estudios de Posgrado y hasta el actual reglamento vigente, el Instituto ha permanecido como entidad participante, junto con la Facultad de Filosofía y Letras, en el Posgrado en Antropología, programa adscrito a la Coordinación de Estudios de Posgrado de la UNAM (CEP). Su participación y apoyo han sido constantes en la formación de investigadores de alto nivel.

El plan de estudios del doctorado tutoral (1991) y el escolarizado de la maestría (1995) han sido una respuesta universitaria al rezago que existía en nuestro campo de estudio en materia de posgrado, manteniendo la visión de una antropología integral que conforma armoniosamente tanto a la interdisciplina como a la transdisciplina. El Posgrado en Antropología con sede en nuestro Instituto, sigue operando de manera regular y continúa los esfuerzos de todos los académicos que han participado en él; forma parte del padrón de programas de posgrado de calidad del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT) y cuenta por lo tanto, con el apoyo de becas proporcionadas por el mismo CONACyT y la Coordinación de Estudios de Posgrado.